Pedagogo, filósofo y ensayista, destaca por haber sido uno de los fundadores de la Institución Libre de Enseñanza.
Tras un primer período de formación en Cádiz, Alicante y Barcelona, en 1853 se matricula en la licenciatura en Derecho y el bachillerato de Filosofía y Letras en la Universidad de Granada, donde accede a los recientemente traducidos manuales sobre el krausismo que le influirán profundamente. En Granada entrará en contacto con intelectuales como Juan Facundo Riaño, Nicolás Salmerón y José Fernández Jiménez, que también cursaban estudios de Derecho.
Finalizados sus estudios, se instala en Madrid en 1863 y trabaja como agregado diplomático en el Ministerio del Estado, compaginando este puesto con la docencia en la Universidad Central, donde se doctora en Derecho (1865) y gana la cátedra de Filosofía del Derecho y Derecho Internacional (1866). En la universidad madrileña coincide con el pedagogo krausista Julián Sanz del Río, Fernando de Castro y Gumersindo de Azcárate y allí vive la publicación del “Decreto Orovio”, que separó de sus cátedras a Sanz del Río, Nicolás Salmerón y Fernando de Castro en 1868 por contravenir los pilares del Estado. La solidaridad de Giner de los Ríos con los catedráticos expulsados supone que este sufra iguales consecuencias.
Restaurada la libertad de cátedra con la Revolución de 1868, intelectuales como Manuel Bartolomé Cossío continúan ahondando en las teorías krausistas, pero con la vuelta de Orovio al Ministerio de Fomento también regresan los ataques a la libertad en la enseñanza y en abril de 1875 un grupo de intelectuales entre los que estaba Giner de los Ríos son detenidos y confinados en el gaditano Castillo de Santa. En este marco se fragua la fundación de la Institución Libre de Enseñanza, inaugurada en 1876 con la participación de Giner de los Ríos entre los docentes de la Institución, pasando después a ostentar su rectorado (1880) y dirigir su Boletín (1881) para estar ligado a este proyecto hasta su muerte.