Navarra de nacimiento, se traslada con su familia a la edad de dos años a Granada, donde llevará a cabo su formación académica y posterior desarrollo profesional.
Entre 1912 y 1916 cursa estudios de Magisterio en la Escuela Normal de Maestros. Finalizada esta primera etapa de formación, pasa a matricularse en 1918 en la Universidad de Granada siendo la primera mujer en cursar estudios en la Facultad de Filosofía y Letras tras permitirse el acceso de la mujer a la Universidad en 1910. Finalizados sus estudios en 1922 con un excepcional expediente académico, en 1925 alcanza un nuevo hito en su carrera al convertirse en la primera docente en la Universidad de Granada como profesora ayudante de clases prácticas hasta que en 1928 es seleccionada para ocupar la plaza de profesora de Literatura española en el Instituto Local de Segunda Enseñanza de Baza.
En julio de 1930 accede al cuerpo de Archiveros, Bibliotecarios y Arqueólogos mediante oposición y en noviembre es nombrada directora del Museo Arqueológico de Granada, cargo que mantuvo hasta 1967. Sin abandonar este puesto, en 1932 se incorpora a la recién creada Escuela de Estudios Árabes de Granada, en un periodo en el que su trayectoria profesional evoluciona rápidamente. Poco tiempo después de su acceso a esta institución ocupa la plaza de bibliotecaria, para pasar a la de adjunta de la sección de Filología y profesora de Árabe literal en 1941. Mientras tanto, en 1940 ya se había producido su regreso a la docencia en la Universidad de Granada, donde ejercía como profesora auxiliar de Hebreo, y fue nombrada secretaria de la Comisión de Monumentos de Granada, puesto que ocupó entre 1940 y 1945. Defendió su tesis doctoral en Madrid en 1944 y en 1947 obtuvo la plaza de profesora adjunta de Árabe en la UGR.
En su trayectoria como mujer pionera, Joaquina Eguaras ingresa como primera y única numeraria de la Real Academia de Bellas Artes de Granada “Nuestra Señora de las Angustias” en 1942. Otras distinciones y reconocimientos recibidos son la Orden de la Mehdawiya (1953); la Orden Civil de Alfonso X el Sabio (1967); la Medalla al Mérito en las Bellas Artes, (1973) y la de miembro de honor de la Asociación Española de Orientalistas (1980).